[ BOJ ][JAVA][1969] DNA

www.acmicpc.net/problem/1969

1969번: DNA

시간 제한	메모리 제한	제출	정답	맞은 사람	정답 비율
2 초	128 MB	3993	2141	1820	56.928%

문제

DNA란 어떤 유전물질을 구성하는 분자이다. 이 DNA는 서로 다른 4가지의 뉴클레오티드로 이루어져 있다(Adenine, Thymine, Guanine, Cytosine). 우리는 어떤 DNA의 물질을 표현할 때, 이 DNA를 이루는 뉴클레오티드의 첫글자를 따서 표현한다. 만약에 Thymine-Adenine-Adenine-Cytosine-Thymine-Guanine-Cytosine-Cytosine-Guanine-Adenine-Thymine로 이루어진 DNA가 있다고 하면, “TAACTGCCGAT”로 표현할 수 있다. 그리고 Hamming Distance란 길이가 같은 두 DNA가 있을 때, 각 위치의 뉴클오티드 문자가 다른 것의 개수이다. 만약에 “AGCAT"와 ”GGAAT"는 첫 번째 글자와 세 번째 글자가 다르므로 Hamming Distance는 2이다.

우리가 할 일은 다음과 같다. N개의 길이 M인 DNA s1, s2, ..., sn가 주어져 있을 때 Hamming Distance의 합이 가장 작은 DNA s를 구하는 것이다. 즉, s와 s1의 Hamming Distance + s와 s2의 Hamming Distance + s와 s3의 Hamming Distance ... 의 합이 최소가 된다는 의미이다.

입력

첫 줄에 DNA의 수 N과 문자열의 길이 M이 주어진다. 그리고 둘째 줄부터 N+1번째 줄까지 N개의 DNA가 주어진다. N은 1,000보다 작거나 같은 자연수이고, M은 50보다 작거나 같은 자연수이다.

출력

첫째 줄에 Hamming Distance의 합이 가장 작은 DNA 를 출력하고, 둘째 줄에는 그 Hamming Distance의 합을 출력하시오. 그러한 DNA가 여러 개 있을 때에는 사전순으로 가장 앞서는 것을 출력한다.

예제 입력 1

5 8
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT

예제 출력 1

TAAGATAC
7

코드

import java.util.Scanner;

public class p1969 {
    public static void main(String args[]) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        int i, j, n = sc.nextInt(), m = sc.nextInt(), max = 0, hd = 0;
        String []dna = new String[n];
        for(i=0;i<n;i++) dna[i] = sc.next();
        for(i=0;i<m;i++){
            int a=0,t=0,g=0,c=0;
            for(j=0;j<n;j++){
                switch(dna[j].charAt(i)){
                case 'A' : a++; break;
                case 'T' : t++; break;
                case 'G' : g++; break;
                case 'C' : c++; break;
                }
            }
            max = Math.max(a>c?a:c, g>t?g:t);
            hd += (n-max);
            System.out.print(toChar(a,t,g,c,max));
        }
        System.out.println("\n"+hd);
        sc.close();
    }
    private static char toChar(int a, int t, int g, int c, int max){
        if(max==a) return 'A';
        else if(max==c) return 'C';
        else if(max==g) return 'G';
        else return 'T';
    }
}